Stefan Wallner wirkt seit vielen Jahren an den Schnittstellen von Zivilgesellschaft, Politik und Wirtschaft – mit dem großen Anliegen, sozial benachteiligten Menschen einen Platz in der Gesellschaft zu geben. Als Politikwissenschaftler mit Ausbildungen in systemischer Organisationsentwicklung und Mediation begann er seine Laufbahn in der Caritas, wo er 1999 als erst 28-Jähriger zum Generalsekretär bestellt wurde. In den zehn Jahren an der Spitze der Caritas lernte er, mit politisch und sozial herausfordernden und zum Teil überfordernden Situationen umzugehen.

In dieser Zeit gründete er gemeinsam mit der Erste Bank die 2. Sparkasse – eine eigene Bank für Menschen, die auf Grund ihrer schwierigen Lebenssituation in einer normalen Bank kein Bankkonto bekommen würden.

Von 2009 bis 2016 wirkte er als Bundesgeschäftsführer der Grünen und gestaltete wichtige Wahlerfolge mit – u.a. im Jahr 2016 die Wahl von Alexander Van der Bellen zum Bundespräsidenten. Direkt danach wechselte er in die Erste Group Bank AG, wo er für die Markensteuerung verantwortlich zeichnete.

Als die Grünen Anfang 2020 in Regierungsverantwortung kamen, wechselte Stefan noch einmal für kurze Zeit in die Politik und war u.a. Kabinettschef bei Vizekanzler Werner Kogler.

Seit Jänner 2023 ist Stefan Wallner Geschäftsführer des Bündnisses für Gemeinnützigkeit Österreich, dem 100 große und kleine Nonprofit-Organisationen und 25 der größten österreichischen Wohlfahrtsträger und Verbände mit weit über 3.000 Mitgliedern bestehend aus gemeinnützigen Vereinen, Stiftungen und sozialen Unternehmen angehören. Das Bündnis setzt sich für bessere Rahmenbedingungen für gemeinnützige Arbeit und mehr gesellschaftlichen Zusammenhalt ein: Interessensvertretung für die gute Sache in Zeiten der milliardenschweren internationalen Machtmaschinerie.

Seit 2025 schreibt er eine regelmäßige Kolumne für das Nachrichtenmagazin PROFIL.