Zwar begann er seine berufliche Karriere als Molekularbiologe, doch bereits während seines Studiums interessierte sich Jon für Buddhismus und Meditation und belegte Kurse beim Zen-Mönch Philip Kapleau.

1979 gründete Jon Kabat-Zinn die mittlerweile renommierte Stress Reduction Clinic, deren Geschäftsführer er bis 1995 war. Hier begann er, das Programm der Mindfulness-Based Stress Reduction (MBSR) zu entwickeln und zu vermitteln und seine Auswirkungen in einer umfangreichen Begleitforschung zu untersuchen. MBSR ist ein achtwöchiger Kurs, in dem teilweise aus Hatha Yoga, Vipassana und Zen stammende, aufeinander abgestimmte Aufmerksamkeitsübungen und die Achtsamkeitsmeditation miteinander verbunden sind. Mittlerweile ist dieses Programm weltweit verbreitet – und hat das Thema Achtsamkeit in der Businesswelt und großen Konzernen hoffähig gemacht.